Oi, Leandro.
Pelo que observei você está utilizando um documento pdf para descobrir o número de páginas (o documento Microsoft Word - readme.pdf) mas está executando o comando para reordenar num segundo documento (o documento leandro.pdf). A operação de reordenar deveria ser executada no mesmo arquivo (quer seja no arquivo readme.pdf ou no arquivo leandro.pdf).
Pelo que vi no código você está abrindo (ou criando) o arquivo leandro.pdf para edição e solicitando que o reordenar seja feito nele. Só que provavelmente ele está vazio. Tente fazer assim: depois que você descobrir o total de páginas, feche o reader e então crie um objeto PdfStamper também no arquivo readme.pdf.
Se você precisar que o resultado da ordenação seja criado num segundo arquivo, você teria duas opções:
1. Iterar pelas páginas do documento original, adicionando-as num segundo documento e só então solicitar a reordenação das páginas.
2. Copiar o arquivo original (via System.IO classe File) criando um segundo arquivo e então executar a ordenação.
Boa sorte. Espero que ajude.